De ESA Bottelare VZW wordt overkoepelend beheerd door een 'Algemene Vergadering' die bestaat uit 13 leden. 

Daarnaast wordt de VZW structureel geleid door de 'Raad van Beheer'.  De raad van beheer bestaat uit 6 vaste leden waarbij Frank Casteels voorzitter is van de club.

De raad van beheer waakt over de financiële gezondheid van de club en stuurt de visie van de club. De operationele leiding van de club geeft de raad van beheer aan het dagelijks bestuur. Het dagelijks bestuur wordt geleid door de jeugdvoorzitter, Luk Baetens. Lucas Van De Velde is de gerechtigd correspondent en Elie Verleyen de jeugdsecretaris. 

Het 'Dagelijks bestuur' bestaat uit 5 overkoepelende cellen. De cellen beslissen los van elkaar maar steeds met rekenschap voor en communicatie naar de andere cellen. Elke cel wordt geleid door een celhoofd.

De cel 'Facility en materiaal' wordt geleid door Brigitte Van den Broecke en staat in voor het beheer van de kantine en de accommodatie.

De cel 'Mens en communicatie' wordt geleid door Elisabeth De Rijcke en zorgt voor de interne en externe communicatie.

De cel 'Events en planning' wordt geleid door Dirk Rogiest en staat in voor de organisatie van de verschillende events. 

De cel 'Jeugdopleidingen' wordt geleid door Kris Goudepenne en implementeert de sportieve visie van de club over alle jeugdploegen.

De cel 'Fanionelftallen' wordt geleid door Christophe Van de Velde en implementeert de sportieve visie van de club over alle ploegen bij de fanion.